保護者がクリスチャンか否かは問いません。ただし、子供たちには、教育活動のなかで本校の設置母体であるキリスト教会の教えに従って、聖書を学んだり、子ども礼拝に参加したり、一緒にお祈りをすることが求められます。保護者に対しては、本校の教育理念を理解していただくために毎週土曜日の午前中に、校長、牧師が交代でお話をする「土曜の集い」を開催しており、保護者の方々にご参加いただくようお勧めしています。

学習指導要領に従った授業を実施しています。さらに、聖書の学びを正規の授業としてとり入れたり、農業体験学習、ボランティア活動など実際に体を動かして学ぶ体験を大切にしています。また、少人数である利点を生かしてひとりひとりの必要に応じた学習ができ、課題を深く掘り下げて学ぶことができるように勤めています。

理想的な学級規模は20人程度であると多くの研究者が指摘しています。学校規模と教育効果について論じるときにしばしば引用される米国のコールマン報告、クラス・スミス曲線などはいずれも1学級の児童数が少ないほど子どもの学力が向上することを示しています。また、世界保健機関（WHO）は学校は100人を上回らない規模が望ましいと指摘しています。本校では、規模が小さいことによる弊害が生じないように学年を超えた子ども集団づくり、共同学習、地域社会との連携を大切にしています。

ある程度人格が形成されてきた10代後半の段階では多様な集団の中で揉まれることも意味をもってきますが人格形成の初期に当たる小学生の段階では強さだけが助長されたり貴重な個性を埋没させてしまう危険があります。鹿児島三育小学校では各学年とも少人数編成を行っています。それは転ばぬ先に手を差し伸べるためでも行動を規制するためでもありません。全ての児童が教師との個人的コミュニケーションを保ちながら良い部分を伸ばし個性豊かな人間を形成するためなのです。

近年子供たちの安全管理は大きな関心事項となっています。学校周辺の道路は歩道や信号、横断陸橋などが整備され通学路としては比較的安全ですが、登下校時の安全を確保するために、毎年、通学路の確認を実施しています。
また、不審者の侵入を防ぐための防護柵を設けて外来者を確認したり、非常の場合の通報システムを各教室に備えるなど、万が一の設備を備えています。さらに、警察の担当者に来ていただき教職員に対する防犯講習を実施したり、不審者が侵入したことを想定した全校児童による防犯訓練を実施しています。

学費等については、入試要項をご覧ください。私立学校は、授業料等の学納金、行政からの補助金、および任意の寄付によって運営されています。本校では入学の際に任意の寄付をお願いしていますが、入学選考とは関連していません。ピクニック、校外授業など特別なプログラムについては必要に応じて費用を請求します。なお、修学旅行の費用は1年生の4月から毎月積み立ててゆきます。